一方面，《個人所得稅法》第二條第一款、三款和第六條第一款第一項規定，對工資、薪金、勞務報酬所得，都應當以每月收入額減除費用三千五百元后的余額，繳納個人所得稅，即繳納個人所得稅是員工所應盡的法定義務。另一方面，《個人所得稅法》第八條的規定：“個人所得稅，以所得人為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。”《個人所得稅代扣代繳暫行辦法》第十一條也指出：“扣繳義務人應扣未扣，應收未收稅款的，由扣繳義務人繳納應扣未扣，應收未收稅款以及相應的滯納金或罰款。”即公司作為工資、獎金的支付者，其有義務代扣代繳員工應繳納的個人所得稅，如未代扣代繳，不僅要其自行承擔稅款，還得支付滯納金或罰款。在追回的工資中，只有住房公積金、醫療保險、養老保險、失業保險可以從中扣除免交個稅。

　　再一方面，公司作為生效判決所確定的義務人，其的確應當按照判決向員工履行給付勞動報酬的義務。但其同時作為工資、獎金的支付方，同樣也應當從工資、獎金中代扣代繳的個人所得稅款。即代扣代繳稅款與執行法院生效判決書所確定的義務并不矛盾，公司代扣代繳的稅款，屬于其履行生效判決書所確定工資、獎金的組成部分。

但是對于經濟補償金的納稅問題，無論是否經過仲裁，不超額均不用納稅。《關于個人與用人單位解除勞動關系取得的一次性補償收入征免個人所得稅問題的通知》中除了規定

“個人因與用人單位解除勞動關系而取得的一次性補償收入(包括用人單位發放的經濟補償金、生活補助費和其他補助費用)，其收入在當地上年職工平均工資3倍數額以內的部分，免征個人所得稅”外，還規定了“超過的部分按照《國家稅 務總局關于個人因解除勞動合同取得經濟補償金征收個人所得稅問題的通知》(國稅發〔1999〕178號)的有關規定，計算征收個人所得稅”。